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目標區(qū)域高通量測序服務

 更新時間:2019-02-19 點擊量:1706

目標區(qū)域高通量測序介紹

目標區(qū)域高通量測序是一種高度特異和靶向的方法,是指采用各種技術手段將待檢測的目標區(qū)域富集之后,進行高通量測序的研究策略。目標區(qū)域的高深度測序可以有效識別基因的變異并對其進行特征譜分析,通常用于分析特定基因組區(qū)域中的DNA變異,尤其是腫瘤的基因組研究。

目標區(qū)域高通量測序的策略與區(qū)別

 

液相雜交捕獲

擴增子測序

富集策略

探針雜交

多重PCR

適用范圍

100k<目標區(qū)域<100M

目標區(qū)域<100k

檢測變異類型

SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴增等。

SNP、小片段Indels、基因擴增等

核酸起始量

100-200ng

50-100ng

優(yōu)勢

發(fā)現(xiàn)新的SNP、融合基因、大片段Indels等

常用于發(fā)現(xiàn)低頻突變(低于0.1%),可用于ctDNA的研究

制約因素

探針捕獲效率

panel擴增均一性

擴增子測序
原理:通過設計目標基因組區(qū)域的引物,經(jīng)多重PCR反應擴增將目標區(qū)域DNA富集純化后,進行高通量測序和數(shù)據(jù)分析。通常用于擴增區(qū)域較?。?lt;100k)的情況。

技術流程

技術優(yōu)勢

目標區(qū)域小,測序成本較低,測序深度通??筛哌_10000X(常規(guī)全外顯子組測序為100X),因此可以發(fā)現(xiàn)低頻的突變。

可選panel:包括現(xiàn)成產(chǎn)品(適合不同腫瘤的基因組合)和個性化定制兩種

Panel類型

50 gene

BRCA1/2

定制

適用腫瘤

所有腫瘤

乳腺癌

覆蓋基因組

 

覆蓋區(qū)域

熱點突變區(qū)

全外顯子區(qū)

擴增子數(shù)目

207

148

Panel大小

40K

17K

 

panel名稱

適合腫瘤

適用樣本

應用

50 gene panel

(可定制)

所有腫瘤

FFPE

從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應用于腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

血漿(ctDNA)

從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變,可以應用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。

BRCA1/2 panel

乳腺癌

全血

檢測乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點突變。

 

樣品要求
1、樣品純度要求:OD值應在1.82.0之間;電泳檢測無明顯非特異性雜帶,PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整。
2、樣品濃度:純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于5 ng/ul。
3、樣品總量:樣品總量不低于200ng。
4、樣品信息:請?zhí)峁〥NA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。
服務流程
1、提交項目課題相關需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術團隊討論項目細節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致,簽訂技術服務合同。
5、開展實驗,按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結題,提供實驗原始結果和分析結果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優(yōu)勢
1、游離DNA純化技術能有效去除基因組DNA污染,使定量更準確。
2、擴增子生成技術提高了擴增子生成的均一性,降低測序成本。
3、低頻突變生物分析技術能有效在背景中檢出相關低頻突變。
4、為了克服PCR擴增中引入的人源誤差,在進行任何擴增之前加入UMIs(unique molecular indices),從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴增帶來的假陽性問題,以及文庫構建過程中引入的偏差。
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